Die Tomate gehört, wie Kartoffel, Paprika, Tollkirsche und Petunie, zu den Nachtschattengewächsen. Beheimatet ist die Tomate in Mittel- bzw. Südamerika, von wo aus sie mit den spanischen Eroberern im 16. Jahrhundert nach Europa kam. Vielerorts wurde sie lange Zeit nur als Zierpflanze angesehen, weil die roten Früchte als giftig galten, wahrscheinlich, weil viele Vertreter der Nachtschattengewächse giftige Alkaloide enthalten. Erst im letzten Jahrhundert begann die Tomate ihren europäischen Siegeszug, in Deutschland etablierte sie sich sogar erst in unserem Jahrhundert. Ihren heimatlichen Indianernamen "Tumatl" brachten die spanischen Eroberer im 16. Jahrhundert zusammen mit den roten Früchten aus dem Reich der Aztekenkaiser nach Europa. Die Italiener nannten die Tomate pomo d'oro, Goldener Apfel, die Franzosen mißverstanden dies als pomo d'amore, so daß sich der Name "Liebesapfel" hielt. Die erste Bezeichnung der Italiener zeigt auch, daß die ersten europäischen Tomaten gelb waren ("gold").
Die Tomatensorten, die wir heute kennen, stammen mit großer Wahrscheinlichkeit von Lycopersicon lycopersicum var cerasiforme ab, die sich in Lateinamerika und der Neuen Welt verbreitete. Forscher aus unterschiedlichen Disziplinen (Linguisten, Archäologen und Ethnobotaniker) vermuten Mexico als Ursprungsland der ersten domestizierten Tomaten, die dann nach Europa kamen. Die Domestikation wurde aber wahrscheinlich schon in Peru von Indianernstämmen eingeleitet, die großfruchtige Mutanten selektierten. Die Wildformen der Tomate haben auch heute noch eine Bedeutung für die Züchtung von Tomaten.